Der Kongress kooperierte insbesondere mit den Organisationen der nationalen Minderheiten in Ostmittel- und Osteuropa sowie in Spanien. Ab 1927/28 dominierten dabei die deutschen ‚Volksgruppen’, welche durch den „Verband der deutschen Volksgruppen in Europa“ sowie dessen Rechtsberater Carl Georg Bruns (1890–1931) vertreten wurden. Nach dessen Tode übernahm der deutsch-baltische Politiker Werner Hasselblatt (1890–1958) diese Aufgabe. Enge Kooperationen gab es spätestens seit 1928 mit den reichsdeutschen „Verbänden für das Grenz- und Auslanddeutschtum“, u. a. dem „Deutschen Schutzbund“ und dem „Deutschen Auslandsinstitut“. Internationale Kooperationspartner wie die „International Law Association“, die „Völkerbundligenunion“, die „Interparlamentarische Union“ sowie Politiker der Friedensbewegungen wie Lord Willoughby Dickinson (1859–1943) und Christina C. Bakker-van Bosse (1884–1963) sollten das Ansehen und die Wirkung des Kongresses als Einrichtung zur Sicherung des Friedens steigern.

Eine fortlaufende Finanzierung seit der Gründung 1925 erfolgte über das Auswärtige Amt in Berlin und ergänzend insbesondere durch das ungarische Außenministerium (bis 1933). Die Mitgliedsbeiträge der nationalen Gruppen machten nur einen geringen Teil des Budgets aus; vielfach wurden diese auch über verdeckte Subventionen (z. B. für die Ukrainer) oder die Übernahme ausfallender Beiträge durch den „Verband der deutschen Volksgruppen in Europa“ mit Mitteln des Auswärtigen Amtes gedeckt (z. B. für die Juden im Zeitraum von ca. 1927–1931).

Den jährlich tagenden Kongress bereitete 1925 eine „Einlader-Konferenz“, sodann ein Exekutivausschuss (auch „Ausschuss“ oder „Exekutivkomitee“) vor. Dieser beriet das Präsidium, das aus dem 1925–1938 amtierenden Präsidenten Josip Vilfan (1878–1958) sowie aus mehreren wechselnden Vizepräsidenten bestand. Die organisatorische Arbeit wurde von einem hauptamtlichen Generalsekretär geleitet, der einem Sekretariat vorstand und zugleich selbst Delegierter seiner nationalen Gruppe im Kongress war. Als Generalsekretäre amtierten: 1925–1936 der deutschbaltische Politiker und Verleger Ewald Ammende (1893–1936); 1936–1939 der deutschbaltische Journalist Ferdinand von Uexküll-Güldenband (1890–1939); 1939–ca.1944/45 Werner Hasselblatt.

Dem Sekretariat angeschlossen war ein „Verband europäischer Minderheitsjournalisten“. Der Vollversammlung des Kongresses angegliedert waren eine Organisationskommission, ein Finanzausschuss, eine Spezialkommission für Nationalitätenkunde (zur Vorbereitung eines letztlich nicht realisierten Institutes für Nationalitätenkunde) sowie ab 1934 ein sog. Fachgremium. Daneben bestanden – mit ungeklärter Struktur und Zusammensetzung – eine „Kommission für Völkerbund und Verallgemeinerung des Minderheitenrechts“, eine „Kommission für innen- und zwischenstaatliche Zusammenarbeit nationaler Minderheiten“ und eine 1932 gegründete permanente „Kommission für Fragen auf dem Gebiet des Petitionswesens“.

Neben den Delegierten stützten weitere Gruppen und Einzelpersonen den Kongress und seine Arbeit durch öffentliche Loyalitätsbekundungen, um dessen vermeintliche Legitimität als politische Vertretung der Minderheiten zu unterstreichen. Damit sollte eine einheitliche europäische Minderheitenlobby dokumentiert werden. Nachweisbar beschloss der Kongress zwischen 1925 und 1938 63 Resolutionen, vor allem zu den Themen ‚Völkerbund’, ‚internationale Kooperation von Minderheiten’, ‚Volksgemeinschaften’, ‚Kulturautonomie’ und ‚Minderheitenrecht’. Diese Resolutionen wurden veröffentlicht und propagierten die Zielvorstellungen der Organisation  zur politischen Vertretung der nationalen Minderheiten in Europa. Die Erstellung der Resolutionen wurde durch insgesamt 308 Referate von Wissenschaftlern, Politikern bzw. Minderheitenvertretern erarbeitet und vor der Beschlussfassung diskutiert. Die Vorbereitung der Verabschiedung erfolgte in dem von deutscher Seite dominierten Exekutivausschuss im Zusammenwirken mit dem Präsidium und dem Generalsekretär. Änderungen durch die Vollversammlungen sind nicht nachweisbar.